Войти
ФлеймФорумНаука

Распределенные вычисления на благо науки. Boinc (31 стр)

Страницы: 128 29 30 31 32 33 Следующая »
#450
18:03, 11 окт. 2020

Tonal

Вы ошибаетесь


#451
13:08, 18 окт. 2020

Cancer Computer использует списанные серверы для борьбы с раком и коронавирусом

Крупные компании регулярно обновляют свои серверы, чтобы получать больше вычислительной мощности и уменьшать затраты на их содержание. Старое же аппаратное обеспечение обычно отправляется на переработку или вовсе выбрасывается, но бывают и исключения.

Например, канадская благотворительная организация Cancer Computer предлагает использовать такое оборудование для медицинских исследований.

Организация была основана 5 лет назад и с тех пор накопила 14 300 процессорных ядер, что даёт ей вычислительную систему, соответствующую по производительности среднему университетскому кластеру в США или Канаде. В большинстве случаев Cancer Computer получает оборудование от корпоративных партнёров, которые желают посодействовать исследованиям.

Как можно догадаться по названию, главной целью организации Cancer Computer является борьба с раком. Исследования в данной области как раз нуждаются в высокопроизводительных вычисления. Однако одним лишь раком исследования не ограничиваются, и канадская организация помогает бороться и с другими опасными заболеваниями, а также поддерживает исследования в области нейробиологии через проект Rosetta@Home.

Теперь же Cancer Computer присоединилась к глобальной борьбе с COVID-19. Отмечается, что организация направила на помощь в исследованиях в данной области все свободные вычислительные мощности, которые теперь помогают исследователям из Вашингтонского университета в Сиэтле искать лечение от коронавируса.

Подавляющее большинство серверов, полученных Cancer Computer за пять лет существования построены на процессорах Intel, однако также есть несколько дюжин серверов на процессорах AMD и системы с GPU-ускорителями. По словам представителей организации, им бы хотелось заполучить больше систем на AMD, так как они показали свою высокую эффективность в некоторых биологических вычислениях.

На данный момент большинство вычислительных мощностей Cancer Computer располагает в тех учреждениях, которые будут их использовать, выступая своего рода посредником между коммерческими организациями и исследователями. Это самые различные университеты и институты в Канаде и США. Ещё часть пожертвованных серверов располагается на обычных хостингах и частных площадках, а в будущем организация планирует расширить присутствие в коммерческих ЦОД.

В итоге же масса исследователей может получить доступ к тому или иному объёму вычислительных мощностей. К тому же работа Cancer Computer помогает сократить количество электронных отходов. Отмечается, что всё больше организаций понимают важность продления срока службы вычислительных систем, и поддерживают инициативы, подобные Cancer Computer.

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru
CancerComputer-Home-OGImage | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc

#452
15:57, 22 окт. 2020

ПОСЛЕДНИЕ ОТКРЫТИЯ EINSTEIN@HOME

Опубликовано 22 окт 2020 9:42:44 UTC

Я с гордостью объявляю о последнем открытии Einstein@Home, которое было опубликовано сегодня в Astrophysical Journal Letters. Это идентифицирует пульсар типа «черная вдова» по данным телескопа Large Area Telescope на борту спутника Fermi. Наше открытие раскрывает природу загадочного источника, впервые обнаруженного два десятилетия назад спутником EGRET. Теперь мы знаем, что источник энергии в центре этого источника - замечательная двойная система, состоящая из пульсара, находящегося на близкой орбите с очень легкой звездой. Если вы хотите узнать больше, статья находится в открытом доступе и доступна

https://iopscience.iop.org/article/10.3847/2041-8213/abbc02


Вот . Спасибо тысячам добровольцев, которые сделали это открытие возможным, пожертвовав свое компьютерное время Einstein@Home, и тем, чьи компьютеры впервые обнаружили PSR J1653−0158: И-Шэн Ву из Таоюаня, Тайвань, и Дэниел Скотт из Анкени, Айова. , США.
30272747-afb0a4a4-96fe-11e7-88b0-2748e893160a | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc

#453
20:07, 30 окт. 2020

Astrarium - бесплатный open-source планетарий для Windows

Привет любителям астрономии!

Хочу поделиться своим хобби-проектом - бесплатным open-source планетарием Astrarium.

Работает под Windows, показывает положения 8 больших планет и их спутников (используются алгоритмы VSOP87), Солнца, Луны (ELP2000), астероидов и комет, поддерживает дипскай каталоги NGC/IC, звездные каталоги BSC и Tycho2. Планетарий может строить треки движения небесных тел, показывать эфемериды на выбранный момент времени или диапазон дат, генерировать календарь астрономических явлений и многое другое.

Программа построена на модульной архитектуре, поэтому функционал зависит от подключенных модулей (плагинов).

Программа portable, не требует установки, будет работать из любой папки. Подключение к сети не обязательно, но желательно - программа скачивает изображения Солнца с сайта SOHO, а также обновляет элементы орбит малых спутников планет с NASA HORIZONS.

Ссылка на сайт программы: https://astrarium.space/
Ссылка на репозиторий GitHub: https://github.com/Astrarium/Astrarium
1603973412127948013 | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc
1603973413112938531 | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc
1603973414138779899 | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc
1603973415191428695 | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc
1603973417127316648 | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc

#454
17:19, 8 ноя. 2020

Увлечение молодого человека к информатике рака живет
29 сен 2020                      Резюме

Ян Лоусон Ван Тох, стажер лаборатории Jurisica Lab, трагически скончался в 2007 году во время первого года обучения в аспирантуре. Его память чтится Фондом Яна, который помогает молодым ученым начать карьеру в области информатики рака.

Будучи студентом, изучающим биомедицинские вычисления в Королевском университете в Онтарио, Канада, Ян Лоусон Ван Тох активно искал возможности в своей области обучения, включая стажировку в Jurisica Lab для участия в работе по информатике рака. Ян работал над инструментами, которые разрабатываются, чтобы помочь ученым и медицинскому персоналу лучше прогнозировать, находить и лечить различные типы рака.

По окончании учебы Ян был принят в аспирантуру факультета медицинской биофизики Университета Торонто. Он также продолжал работать в Jurisica Lab в качестве аспиранта, где он был в команде, разрабатывающей NAVIGaTOR, инструмент для визуализации и анализа 2-D и 3-D графиков, который, например, позволяет исследователям одновременно визуализировать миллионы взаимодействий с белками и тем самым начать определять, какие взаимодействия вызывают мутацию здоровых клеток в раковые. Но, к сожалению, жизнь и работа Яна были прерваны, когда он умер от болезни сердца на первом году обучения в аспирантуре.

Чтобы почтить память Яна, его родители и лаборатория Jurisica Lab создали фонд Яна в онкологическом центре принцессы Маргарет в Торонто. Фонд поддерживает стажировки, награды за выдающиеся достижения в области исследований в области информатики рака и серию лекций с участием некоторых ведущих ученых мира в области вычислительной биологии. Более 10 лет IBM помогала поддерживать эту работу, выступая одним из спонсоров награды за выдающиеся научные работы на ежегодной Международной конференции по вычислительной биологии.
http://www.cs.toronto.edu/~juris/ismbawardees.htm

Участники Ian's Ride в 2016 году. (Нажмите на изображение, чтобы увидеть его в увеличенном виде.)
http://www.team-ian.org/about-the-ride/

Ian’s Ride начал свою деятельность в 2009 году, чтобы помочь собрать деньги для Фонда, при этом члены Jurisica Lab участвовали как райдеры, так и вспомогательный персонал. Первые два года гонщики команды участвовали в Enbridge Ride to Conquer Cancer. Впоследствии, чтобы гарантировать, что все собранные деньги будут направлены на цели Фонда Яна, команда начала свою собственную поездку, которая охватила 270 км от Здания компьютерных наук в Королевском университете в Кингстоне, Онтарио (альма-матер Иэна). в Монреаль.

Возраст участников поездки варьировался от 19 до 82 лет, среди них было несколько сотрудников IBM из Канады. В дополнение к самой поездке участники поддержали исследование, предоставив исследователям образцы слюны. Эти образцы были проанализированы в рамках исследования по определению молекулярных механизмов, как физическая активность может влиять на рак, как для профилактики, так и для лечения. В настоящее время исследователи ожидают данных о секвенировании РНК из собранных образцов, чтобы продолжить следующие шаги в исследовании.
Из-за продолжающейся пандемии COVID-19 в этом году поездка Иэна была сокращена до нескольких гонщиков. Но помимо поездки, страсть Яна к информатике рака живет благодаря работе студентов, которым помогает Фонд. Работа этих студентов, в свою очередь, помогла с анализом данных по проекту Mapping Cancer Markers, который в настоящее время выполняется в World Community Grid. https://www.worldcommunitygrid.org/research/mcm1/overview.do
Узнайте больше о Ian’s Ride и Ian’s Fund здесь.
http://www.team-ian.org/about-team-ian/

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru

TI-at-the-bench-_lg_ | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc
#455
9:05, 21 ноя. 2020

Вы можете внести свой вклад в изучение COVID-19, присоединившись к программе Folding@Home

Вы можете внести свой вклад в изучение COVID-19, присоединившись к программе Folding@Home  по ссылке https://foldingathome.org/iamoneinamillion/
Впервые Folding@Home был запущен в 2000 году учеными Стенфордского университета для моделирования процессов свёртывания/развёртывания молекул белка, чтобы лучше понимать причины возникновения болезней, вызываемых дефектными белками, таких как Альцгеймера, Паркинсона, диабет 2 типа, болезнь Крейтцфельдта — Якоба (коровье бешенство), склероз и различных форм онкологических заболеваний.

В чем его принцип?

Устанавливая приложение  на свой ПК, вы становитесь  участником  проекта по распределенным вычислениям. Для выполнения своей работы Folding@home объединяет компьютеры в международную сеть для решения сложных вычислительных задач.
Клиентская программа Folding@Home запускается в фоновом режиме и выполняет вычисления лишь в то время, когда ресурсы процессора не полностью используются другими приложениями. Программа-клиент Folding@home периодически подключается к серверу для получения очередной порции данных для вычислений. После завершения расчётов их результаты отсылаются обратно. Участники проекта могут видеть статистику своего вклада. Каждый участник может запустить программу-клиент на одном или более компьютерах, может вступить в одну из команд (информация с сайта - Wikipedia)
Кстати, принцип проекта схож с Биткойн, но вычислительные мощности он тратит на моделирование свертывания молекул белка и, впоследствии, поиска новых лекарств.
Как это связано с COVID – 19?

Сейчас  вычислительные мощности сети Folding@Home используются, в том числе, для поиска вакцины от коронавируса.

К примеру, компания NVIDIA призвала геймеров установить приложение на свои ПК, чтобы использовать мощности их игровых компьютеров для борьбы с COVID-19.

Что вы еще можете сделать?

1.  1. Рассказать почему вы в проекте. Поделиться личным опытом, связанным с заболеваниями, изучаемыми Folding@home.
2. Разместить свою историю на Youtube , Facebook , в Instagram или Twitter с хэштегом #iamoneinamillion

Поделитесь информацией о приложении со своими близкими и у них тоже будет возможность внести свой вклад.
Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru
kovid | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc
img770710282 | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc

#456
9:12, 6 дек. 2020

Исследовательские эксперименты по ВИЧ в программе Boinc…

Быстрые конформационные колебания неупорядоченного слитого пептида ВИЧ-1 в растворе.
Описание

Конформационно гибкий слитый пептид (FP) ВИЧ-1 незаменим при вирусной инфекции клеток-хозяев из-за его способности встраиваться в фосфолипидные мембраны и прочно связываться с ними. Имеются противоречивые сообщения о мембранно-связанной структуре FP, а информация о структуре раствора ограничена, однако такая структура является мишенью для нового класса антиретровирусных ингибиторов. Совокупность явных симуляций молекулярной динамики растворителя, начатая с неупорядоченной FP ВИЧ-1 (время агрегирования ∼30 мкс), показала, что, хотя подавляющее большинство конформаций преимущественно лишены вторичной структуры, как спонтанное образование, так и быстрое взаимопревращение локальных элементов вторичной структуры возникают, подчеркивая структурную пластичность пептида. Поэтому даже в таком быстром масштабе времени FP представляет собой разнообразный и гибкий конформационный ансамбль в решении. Кластеризация вторичной структуры показывает, что наиболее заметными упорядоченными элементами являются α- и 3-10-спиральные подмножества мембраносвязанных конформаций, в то время как обнаружено, что следовые популяции в пределах 2 Å RMSD всех полных мембраносвязанных конформаций уже существуют в ансамбле решений. .

Поскольку связанные с ингибитором конформации FP обнаруживаются редко, ингибиторы FP могут функционировать, модулируя конформационный ансамбль и связываясь с нефузогенными структурами FP. Термодинамическая характеристика наиболее заметных упорядоченных нефузогенных структур может облегчить будущий дизайн улучшенных ингибиторов FP. тогда как обнаружено, что следовые популяции в пределах 2 Å RMSD всех полных мембраносвязанных конформаций уже существуют в ансамбле раствора. Поскольку связанные с ингибитором конформации FP обнаруживаются редко, ингибиторы FP могут функционировать, модулируя конформационный ансамбль и связываясь с нефузогенными структурами FP. Термодинамическая характеристика наиболее заметных упорядоченных нефузогенных структур может облегчить будущий дизайн улучшенных ингибиторов FP. тогда как обнаружено, что следовые популяции в пределах 2 Å RMSD всех полных мембраносвязанных конформаций уже существуют в ансамбле раствора. Поскольку связанные с ингибитором конформации FP обнаруживаются редко, ингибиторы FP могут функционировать, модулируя конформационный ансамбль и связываясь с нефузогенными структурами FP. Термодинамическая характеристика наиболее заметных упорядоченных нефузогенных структур может облегчить будущий дизайн улучшенных ингибиторов FP.

Публикации
•  Venken T, Voet A, De Maeyer M, De Fabritiis G, Sadiq SK, Быстрые конформационные флуктуации неупорядоченного слитого пептида ВИЧ-1 в растворе. Журнал химической теории и вычислений, 2013. doi: 10.1021 / ct300856r

Моделирование созревания протеазы ВИЧ
Теги WU: HIVPR
Описание

Один из самых интригующих аспектов всего процесса созревания ВИЧ - это то, как впервые появляется «ножничный» белок, протеаза. Здесь необходимо понять парадокс типа курицы и яйца, потому что каждая зрелая молекула протеазы происходит из незрелой формы и связана длинными полипротеиновыми «веревками», которые она перерезает. Итак, если «ножницы» изначально находятся в «веревке», как первые «ножницы» освобождаются? Чтобы ответить на этот вопрос на атомарном уровне точности, необходимо провести молекулярно-динамическое моделирование с текущим пределом вычислительной мощности. Технология GPUGRID позволяет нам успешно решать эту проблему, и мы смогли показать, что первые «ножницы» могут освободиться от «веревки», на которой они скованы. Увлекательно, он делает это путем связывания одного из своих концов, первоначально соединенного с другим белком в «веревке», со своим собственным активным сайтом, который, в свою очередь, выполняет разрезание. Это событие лежит в основе всего процесса созревания, и если протеазу ВИЧ можно остановить, пока она еще созревает, то вирусная частица в целом не может стать зрелой. Доступ к зарождающимся структурам протеазы ВИЧ представляет собой новую и важную цель для разработки АРВ-препаратов в борьбе с ВИЧ / СПИДом.
Публикации https://youtu.be/TfiiPMXm_Us

•  С.К. Садик, Ф. Ноэ и Г. Де Фабритиис, Кинетическая характеристика критического этапа созревания протеазы ВИЧ-1, PNAS, опубликовано в Интернете 26 ноября 2012 г.
________________________________________
Молекулярное моделирование гибкости протеазы ВИЧ
Теги WU: HIVPR
Описание

Вирусные частицы (вирионы) ВИЧ становятся зрелыми и заразными благодаря действию вирусного фермента, известного как протеаза ВИЧ, который действует как пара «ножниц», разрезая длинные полипротеиновые цепи в форму, которая затем формирует структуру нового вирион. Структура, динамика и функция этого очень гибкого белка были тщательно изучены и привели к появлению многих антиретровирусных ингибиторов (АРВ), которые сегодня лечат ВИЧ ограниченным образом. Однако полный процесс, с помощью которого протеаза меняет форму для выполнения своей функции, все еще недостаточно изучен на атомарном уровне, потому что такие изменения происходят в трудноразрешимых в вычислительном отношении временных масштабах. Понимание конформационных изменений, происходящих в протеазе, имеет центральное значение при разработке нового класса АРВ-препаратов на основе структуры, которые могут воздействовать на протеазу в ее альтернативных конформациях. Технология GPUGRID позволяет нам получить доступ к этим альтернативным формам, обеспечивая основу для улучшенного лечения ВИЧ / СПИДа.

Публикации
•  С.К. Садик и Г. Де Фабритиис, Явная динамика растворителя и энергетика открытия и закрытия лоскута протеазы ВИЧ-1, Proteins 78, 2873 (2010)

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru
images (1) | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc
images | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc

#457
10:59, 19 дек. 2020

Мы участвуем в проекте OpenPandemics и ищем лекарство от COVID-19.

OpenPandemics - COVID-19

Проблема COVID-19 - это заболевание, вызываемое SARS-CoV2, вирусом семейства коронавирусов. Эти вирусы вызывают заболевания, которые поражают главным образом дыхательную систему человека и, возможно, другие основные органы. COVID-19 может привести к серьезному заболеванию или даже смерти.

На момент запуска этого проекта не существует лечения, лекарства или вакцины от COVID-19.

Предложенное решение

Ученые Scripps Research проводят симуляции молекулярного моделирования, чтобы найти возможных кандидатов для разработки методов лечения COVID-19, но для успеха им нужны огромные вычислительные мощности для проведения миллионов смоделированных лабораторных экспериментов.

Таким образом, Scripps Research сотрудничает с World Community Grid, инициативой IBM по социальному воздействию, которая позволяет любому, у кого есть компьютер и подключение к Интернету, пожертвовать вычислительную мощность своего устройства, чтобы помочь ученым изучить самые большие проблемы в мире в области здравоохранения и устойчивого развития. Используя предоставленные вычислительные мощности, ученые, стремятся идентифицировать многообещающие химические соединения для дальнейших лабораторных испытаний.

Исследовательская группа хочет не только помочь найти лекарства от COVID-19, но и создать набор инструментов с открытым исходным кодом для быстрого реагирования, который поможет всем ученым быстро искать способы лечения будущих пандемий. И в соответствии с политикой открытых данных World Community Grid, все данные и инструменты, разработанные в рамках этого проекта, будут свободно использоваться в научном сообществе.

Основная цель проекта - поиск потенциальных методов лечения COVID-19, поэтому изучение белков SARS-CoV2 (вируса, вызывающего COVID-19) является высшим приоритетом.

Кроме того, ученые хотят бороться не только с нынешней чрезвычайной ситуацией, но и подготовиться к тем, которые, скорее всего, последуют. Будущие пандемии могут возникнуть в результате прогрессирующего накопления мутаций, которые в конечном итоге могут привести к новому варианту вируса. Именно это произошло, когда вирус SARS-CoV1 мутировал и превратился в SARS-CoV2. Таким образом, исследовательская группа включает белки SARS-CoV1 и других вирусов, которые будут изучены как часть OpenPandemics –COVID-19, что поможет им оценить, насколько сложно будет найти, или разработать молекулы, способные преодолеть неизбежные мутации.

Как ты можешь помочь

Как волонтер World Community Grid вы загружаете на свой компьютер безопасную программу. И когда ваш компьютер не использует всю свою вычислительную мощность, он автоматически запускает имитацию эксперимента в фоновом режиме, который поможет спрогнозировать эффективность конкретного химического соединения в качестве возможного лечения COVID-19. Грид-сервер, чтобы сообщить ему, что он завершил моделирование, которое автоматически и безопасно отправляется нам.

Все это происходит незаметно, пока вы занимаетесь своими обычными делами, например, набираете электронное письмо, просматриваете Интернет, или когда ваш компьютер простаивает, но включен.
World Community Grid получает результаты, которые вы отправляете обратно (часто называемые рабочими единицами или исследовательскими задачами), объединяет их с сотнями тысяч результатов других добровольцев со всего мира и отправляет их исследовательской группе Scripps. Затем исследователи начинают сложную работу по анализу данных. Хотя этот процесс не происходит в одночасье, он ускоряет то, что в противном случае заняло бы много лет или даже было бы невозможным.

https://www.worldcommunitygrid.org/join.action?projectToAdd=opn1

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru

OPN_Infographic | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc
#458
23:34, 19 дек. 2020

шото я смотрю пока майнинга небыло и вас не было, а как майнинг появился
таки и вы тут сразу забегали со своими расчетами дебильными

#459
8:43, 20 дек. 2020

SETI25
> Вы ошибаетесь
нет

#460
8:48, 20 дек. 2020

Misanthrope
> шото я смотрю пока майнинга небыло и вас не было, а как майнинг появился
> таки и вы тут сразу забегали со своими расчетами дебильными
хотят присоседится к чужим петафлопсам

#461
9:06, 20 дек. 2020

Презентация ученика 7 класса по информатике

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru

Скриншот 01-11-2020 102753 | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc
Скриншот 01-11-2020 102806 | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc
Скриншот 01-11-2020 102823 | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc
Скриншот 01-11-2020 102838 | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc
Скриншот 01-11-2020 102853 | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc
Скриншот 01-11-2020 102909 | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc
Скриншот 01-11-2020 102924 | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc
Скриншот 01-11-2020 102937 | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc
Скриншот 01-11-2020 102953 | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc
Скриншот 01-11-2020 103014 | Распределенные вычисления на благо науки. Boinc
#462
10:10, 20 дек. 2020

А тем временем Аресибо превратили в руину потому что было "не рентабельно" менять трос.

#463
10:24, 20 дек. 2020

Freakazoitt
> А тем временем Аресибо превратили в руину потому что было "не рентабельно"
> менять трос.
про нерентабельно ничего не говорили, говорили про опасно.

#464
10:46, 20 дек. 2020

Misanthrope
> шото я смотрю пока майнинга небыло и вас не было, а как майнинг появился
> таки и вы тут сразу забегали со своими расчетами дебильными

Да нет, они давно были и всякие Folding@HOME еще со студенчества помню как агитировались.
Ссылка на скачку клиента с неофициального сайта boinc.ru (не упомянут на официальном) ведёт на официальный сайт университета Беркли, так что не похоже на попытку заэксплойтить доверчивых и неопытных.

Страницы: 128 29 30 31 32 33 Следующая »
ФлеймФорумНаука