Войти
ПроектыФорумСобираю команду

Ищу единомышленников; генетическая головоломка / программирование биороботов (2 стр)

Страницы: 1 2 3 415 Следующая »
#15
21:47, 14 мар. 2015

Gregorio
> да таких полно.
То, что я знаю - нужно писать программы. Это узконишевые проекты не для средних умов. А в мой проект можно будет и перед сном поиграть чутка)).
Я играл когда-то в Battle Snake, но это не доведенная до баланса концепция ИМХО. Там надо провести 10 поединков, чтобы определить сражается ли твоя змея лучше джокера (базового варианта тупо грызущего хвост) или нет. А если в поединке больше двух змей - то вообще каша полная.


#16
0:14, 15 мар. 2015

Вопрос по механике: вот вырабатываются ферменты, концентрация которых влияет на активацию участков ДНК, а куда эти ферменты потом деваются?

#17
0:34, 15 мар. 2015

Tiendil
> куда эти ферменты потом деваются?
слайд №22. Белки спонтанно разрушаются. Каждый белок имеет собственную скорость разрушения (деградации).
Допустим белок Х синтезируется со скоростью 100 молекул в минуту и имеет скорость деградации 10% в минуту. Понятно, что его количество в клетке стабилизируется на уровне 1000 молекул - скорость прихода равна скорости убыли.
Если его синтез усилится до 120 молекул в минуту, то равновесная концентрация возрастет до 1200 соответственно.

#18
0:50, 15 мар. 2015

Готов с вами это обсуждать, но в плане разработки ничего не обещаю. Занимался моделированием фолдинга белков, поэтому основы понимаю. Сейчас занимаюсь разработкой одной игры, и одно время думал над скажем так бактериологическими войнами. Но механику не придумал и забросил. Поэтому вот такой мой интерес :)

Но и у вас не увидел описание этого. Начать полагаю стоит с "Логические схемы с очень простым и понятным графическим интерфейсом" - нарисуйте конкретный пример туториал для игрока, что он должен сделать зайдя в игру. Как вы предполагаете составлять эту схему с конкретными белками и всем прочим.

#19
2:55, 15 мар. 2015

tac
> Занимался моделированием фолдинга белков
Приятно встретить коллегу.

tac
> нарисуйте конкретный пример туториал для игрока
Я полагаю, что 95% ответов на Ваши вопросы содержатся в презентации. Для начала игроку показывают вступление, что соответствует примерно слайдам №№2-22.
Логические схемы описаны на слайдах №№24-51. Они соответствуют первым уровням игры.

tac
> Как вы предполагаете составлять эту схему с конкретными белками и всем прочим.
Перетаскиваешь элементы, собираешь в блок-схему. Блок-схемы на слайде 51 например.
Например ген X будет выглядеть так: [позитивное влияние продукта гена Y - сила 3][негативное влияние продукта гена Z - сила 1][описание продукта гена X]. Два первых блока составляют регуляторный участок.

#20
3:24, 15 мар. 2015

На слайдах у вас очень грустно, это не то что нужно видеть для игры. Возможно это из-за незнания английского, но не думаю, что дело только в этом. Не сочтите за труд перевести нужное на русский язык. Ну и там общие же слова к тому же (выглядят как некая лекция. причем скучная), нам же нужен конкретный пример. Я не видел названий конкретных белков, и того на что они повлияют. Возможно это за кадром как то, но тогда мне не ясен уровень обобщения.

"позитивное влияние продукта гена Y" - вот что это такое? Какого гена? На что он влияет? продукт гена - это белок/рнк что ли? вы реально думаете что такая терминология будет понятна в игре?

Можете описать по русски не для биолога ? мы же хотим популяризировать, придется убрать супер научную терминологию и говорить понятными словами ... мы же не студентов биофака будем учить, а в массы несем, так?

P.S. я коллега так сказать по другую сторону барикад :) и очень не люблю излишней научной терминалогии, ну и как говорится сам себе на уме ) Базовое образование у меня ИТшное, поэтому буду пытать вас, причем так чтобы вы не применяли бы ко мне вашей научной (читать ругательной) терминалогии :)

ЗЫ. Ну вот к примеру, имеем мы рибозим типа hammerhead, который может саморазрезаться, далее вводим в него мутации, одни усиливают его способность саморазрезаться, другие наоборот дают ослабевание, вплоть до того, что некоторые превращают его не в рибозим а в несворащивающиюся нить РНК. Вот такого рода примеры нужны. А не сухая теория.

#21
3:43, 15 мар. 2015

tac
> Не сочтите за труд перевести нужное на русский язык.
Не вопрос, будет время, переведу.

tac
> продукт гена - это белок/рнк что ли?
Продукт гена - белок, РНК в игре нет для простоты. На работу генов влияют белки.

Пока краткий пример, для понимания:
Первый уровень игры: задача игрока сделать колонию микробов заданного размера. Энергия неограничена.
Есть три гена. 1) Базовый фактор - активирующий все остальные гены, включая свой собственный, 2) циклин - отвечает за деление, 3) структурный белок - отвечает за рост.
Размер микроба определяется чувствительностью регуляторных участков циклина и структурного белка к активации базовым фактором. Если циклина производится много, а структурного белка - мало, клетка быстро делится и не успевает вырасти. Если наоборот - клетки большие и медленно делятся.

tac
> придется убрать супер научную терминологию
Мне кажется, я все термины там объяснил.)) Конечно все должно быть удобоваримо.

PS
Ashkarik
> Если коротко, любая логическая схема в общем виде состоит из 1) переменных, 2)
> правил их взаимодействия, 3) их значений в каждый момент времени. В моем
> проекте каждая переменная - ген, взаимодействия переменных определяются
> промотерными (регуляторными) участками генов, значения переменной в настоящий
> момент - концентрация белка-продукта данного гена. Пользователь задает
> количество генов и свойства их регуляторных участков. Есть гены, которые
> оперируют с "внешними" переменными: влияют на скорость и направление движения,
> чувствительность к сигналам, скорость роста и т.д., а есть и такие, которые
> нужны чисто для логических операций. Физически игрок будет перетаскивать мышкой
> логические блоки. Например ген X будет выглядеть так: [позитивное влияние
> продукта гена Y - сила 3][негативное влияние продукта гена Z - сила 1][описание
> продукта гена X]. Два первых блока составляют регуляторный участок.

#22
3:49, 15 мар. 2015

> Есть три гена. 1) Базовый фактор - активирующий все остальные гены, включая свой собственный, 2) циклин - отвечает за деление, 3) структурный белок - отвечает за рост. Размер микроба определяется чувствительностью регуляторных участков циклина и структурного белка к активации базовым фактором. Если циклина производится много, а структурного белка - мало, клетка быстро делится и не успевает вырасти. Если наоборот - клетки большие и медленно делятся.

Вот уже лучше. Примерно таких примеров я от вас добивался. Теперь как их изобразить графически (вы же говорили о каких простых блок схемах, как этот пример рисуется и в чем динамика)? в чем задача игрока? К примеру ну отвечает " структурный белок за рост" и что? в чем играбельность?


upd.
> задача игрока сделать колонию микробов заданного размера
вы понимаете, что при такой постановке, Ваша задача как разработчика создать модель колонии микробов (типа игры "Жизнь"), а игрок будет всего лишь менять параметры и наблюдать графику ничего не понимая :) Ну или озарит если посидит над этим достаточно ... Но это скорее симуляции, а не игра, типа шахмат как заявлено у вас ... я возможно впопыхах чего то не понимаю, поэтому и провоцирую вас на развернутый ответ :)

#23
3:59, 15 мар. 2015

tac
> Примерно таких примеров я от вас добивался.
В презе они есть, я ее переведу в ближайшие дни.

tac
> Теперь как их изобразить графически
Слайды №34-37 - это как раз графическое изображение этого примера.

tac
> в чем задача игрока?
Задача игрока запрограммировать микроб, который когда его выпустят в бульон, создаст колонию и будет вести себя определенным образом. Например для данного случая особи будут иметь некий заданный размер. Играбельность здесь в том, чтобы подобрать такие параетры чувствительностей, чтобы уложить в заданный интервал. В общем же случае - микробам нужно выжить и размножится.

#24
4:09, 15 мар. 2015

Ну по счастливой случайности я еще занимался ИИ (искусственным интеллектом). В вашей постановке это классический пример нахождения коэффициентов модели. Зачем же Вы будите заставлять игрока заниматься тем, что делают алгоритмы ИИ. Поверьте ему это не интересно. Ну в крайнем случае это будет т.н. Scientific game. Тут нет играбельности. И вам кстати выше об этом говорили уже.

Вы должны будете создать модель, ну как бы идеальную, по которой будите оценивать игрока, что вообще то не тривиально (как минимум в научном плане). а игрок будет угадывать ваши коэффициенты. Все. Гаме овер.

upd.
Или точнее даже так, вы зададите некую целевую функцию, боюсь правда не сможете чисто аналитически, но что-то будет её прообразом. И человек будет угадывать вашу целевую функцию. Выигрывать будет тот, кто сможет угадать. Но чтобы это было интеллектуально, человек должен применять интуицию, и он как бы должен видеть компоненты этой функции ... все это надо обыграть в игровой манере, иначе человек просто не поймет где применять интуицию, и не преодолев порог сложности уйдет.

#25
4:14, 15 мар. 2015

tac
> это скорее симуляции
Да, это точно симуляция. На шахматы это вообще ни разу не похоже.

tac
> наблюдать графику ничего не понимая
Понимать ему придется.

Поскольку тут будут уровни с новыми экологическими условиями, ему каждый раз придется решать новую задачу. см. пример с солнечным зайчиком в корневом сообщении.

#26
4:20, 15 мар. 2015

tac
> Ну в крайнем случае это будет т.н. Scientific game.
Да, это типичная scientific game

tac
> игрок будет угадывать ваши коэффициенты.
Игрок будет не только угадывать коэффициенты, он будет также принимать решения о том, какой элемент логической схемы взаимодействует с каким (посколку коэффициент может быть равен нулю, то это формально тоже можно назвать подбором коэффициентов), а также добавлять новые "служебные" гены. Например, он может будет сделать деление микробов зависимым от света.

Мне кажется вы не до конца врубились и торопитесь развенчивать и ниспровергать.

#27
4:25, 15 мар. 2015

Вот к примеру сыграйте в игру FoldIt , не подсматривая в ютуб с уроками ... там тема немного другая (фолдинг белка), но там снова же угадывания параметров модели. Игрок устает от такого (он не сможет, вопреки заявлениям авторов, показать как правильно сворачивать, или в ваше варианте как правильно организовать колонию) ... хотя конечно, в научном плане эта игра важна.

#28
4:26, 15 мар. 2015

tac
> вы зададите некую целевую функцию, боюсь правда не сможете чисто аналитически,
> но что-то будет её прообразом. И человек будет угадывать вашу целевую функцию.
> Выигрывать будет тот, кто сможет угадать. Но чтобы это было интеллектуально,
> человек должен применять интуицию, и он как бы должен видеть компоненты этой
> функции ... все это надо обыграть в игровой манере, иначе человек просто не
> поймет где применять интуицию, и не преодолев порог сложности уйдет.

Да, это довольно близко к идее. И да, это не Burito Bison Revenge, тут понадобится пошевелить мозгами. Да, тут возможны довольно сложные задания, но хороший тьюториал и подсказки не есть очень сложная задача.

#29
4:28, 15 мар. 2015

> Мне кажется вы не до конца врубились и торопитесь развенчивать и ниспровергать.

Не, я дружелюбен, это просто повод поспорить с сами с собой в вашем лице ... но главное пролить свет на то, что же вы хотите

Страницы: 1 2 3 415 Следующая »
ПроектыФорумСобираю команду

Тема в архиве.